En 1939, des soldats allemands ont été internés au Fort de Huy après avoir franchi la frontière belge. Le 10 mai 1940, ces soldats ont été transférés en tant que prisonniers de guerre. Peu de temps après, le fort a été attaqué par les Allemands pour libérer les prisonniers, qui avaient cependant déjà été transférés ailleurs. Les Allemands ont alors utilisé le fort comme centre d’internement pour des prisonniers politiques et des otages, sous l’administration de la Wehrmacht et dirigé par le commandant Frimberger. Plus de 6 500 patriotes, dont Guillaume Vermeylen, y ont été internés pour diverses raisons, notamment la résistance, le banditisme, le marché noir, la réfractaire au travail obligatoire, les otages, les communistes, les grèves, etc. Le fort abritait également des prisonniers de différentes nationalités.
À partir de juillet 1940, des prisonniers anglais, des grévistes français et des Russes ont été internés à Huy, et environ la moitié des internés étaient des otages, risquant l’exécution. Cependant, aucun d’entre eux n’a été exécuté sur place, mais ont été emmenés ailleurs avant leur assassinat. À partir de septembre 1941, le fort de Huy a également été utilisé comme camp de transit avant la déportation vers des camps de concentration, principalement Vught et Neuengamme.
Après la Libération, le fort a été transformé en centre d’internement pour les personnes inciviques. Depuis 1992, un Musée de la Résistance et des Camps de Concentration est installé au Fort de Huy.